Dier stängs av fyra matcher och får betala motsvarande drygt 460 000 kronor i böter för att ha jagat och konfronterat en supporter på läktaren i samband med FA-cupmatchen mot Norwich i mars.
Mourinho tycker att det engelska fotbollsförbundet (FA) tog ett felaktigt beslut.
– Min känsla är att i majoriteten av de här fallen skyddas inte fotbollen av de mäktiga som inte tillhör den här världen, säger portugisen.
– De kan inte fotboll och det är väldigt, väldigt svårt att ha ansvar för något när du inte har en aning om den värld som du ska leda.
Dier sade till FA att han hoppade upp på läktaren för att försvara sin yngre bror som bråkade med supportern, men FA ansåg att Dier själv agerat hotfullt.
Supportern har bett Dier om ursäkt, säger Mourinho.
– Jag vill väldigt gärna ha tillbaka supportrar på läktarna. Även den här supportern – särskilt eftersom supportern fick möjlighet att träffa spelaren, be om ursäkt och förstå att vi visserligen är välbetalda men inga robotar, säger Mourinho.
– Det var en bra möjlighet för supportern att förändra sig.