Skälet är, skriver tidningen Marca, att Spanien är ett av endast fem EU-länder som fortfarande inte erkänner Kosovo som en självständig stat. Det innebär att de båda ländernas flaggor inte kan visas upp bredvid varandra före matchen, liksom att Kosovos nationalsång inte kommer att kunna benämnas som just en nationalsång.
Spänningarna har inte blivit mindre av att det spanska herrlandslagets officiella Twitterkonto i ett inlägg kallat Kosovo för ett territorium.
Kosovos fotbollsförbund går i ett uttalande hårt åt dess spanska motsvarighet efter inlägget, som man anser är både oacceptabelt och en provokation.
Vidare skriver man att flagga och nationalsång är ett krav, "annars kommer inte matchen att bli av". Om inte Spanien ändrar inställning hotar Kosovo också att ta frågan vidare till Europeiska fotbollsförbundet (Uefa).
"Den spanska statens inställning till Kosovo har tyvärr varit destruktiv ända sedan självständighetsförklaringen den 17 februari 2008. Men inställningen kan ändå inte förändra vare sig historien eller verkligheten", står det i uttalandet.
VM-kvalgrupp B består av Sverige, Kosovo, Spanien, Georgien och Grekland. Det sistnämnda landet är ytterligare ett av de få inom EU som inte erkänt Kosovo.
Sverige VM-kvalar mot Kosovo på Fadil Vokrri-stadion i Pristina den 28 mars.