32-åringen tvingades bryta matchen redan efter 20 minuter.
"Fruktansvärda nyheter. Sari är mer än en spelare, hon är vår lagkapten och en väldigt viktig ledare. Vi kommer sakna henne", säger Nederländernas förbundskapten Mark Parsons i ett uttalande på förbundets hemsida.
Jacintha Weimar ersätter van Veenendaal i den nederländska truppen.
Vidare meddelar det nederländska förbundet att Aniek Nouwen, som skadade ankeln mot Sverige, inte kommer till spel mot Portugal på onsdag.