I och med målet passerade han den forne Real Madrid- och Inter-anfallaren Ronaldo och blev landets näst bäste målskytt genom tiderna.
Men målstatistiken i i Brasilien är omdiskuterad då vissa bara räknar tävlingsmatcher och andra även inkluderar vänskapsmatcher och inofficiella landskamper.
Även det brasilianska fotbollsförbundet har haft motsägelsefulla siffror, men den här gången är de säkra på att Neymar går upp som ny tvåa.
– Det är en stor ära för mig att vara en del av Brasilianska landslagets historia, sade en tårögd Neymar efter matchen.
– För att vara helt ärlig, min dröm har alltid varit att spela för Brasilien och bära den här tröjan.
80-årige Pelé, som fortfarande är bäst genom tiderna med 77 landslagsmål, var inte sen med att gratulera.
"I dag tog han ett till steg mot mitt målrekord för landslaget. Och jag hoppas att han tar sig dit med samma glädje som när jag såg honom spela första gången", skriver legendaren på Instagram.
Neymar har visat storformen i landslaget med mål i fyra raka matcher och sju mål på de fem senaste. Men under gårdagen stod det klart att brassen missar OS i Tokyo som inleds om en dryg månad. Det är oklart varför, men tidigare i veckan rapporterade ESPN att Neymars franska klubb Paris Saint-Germain inte släpper i väg sina olika landslagsstjärnor till OS