Segermålet för Stjärnan stod Hugo Henriksson för efter 89 minuter.
Första halvlek blev mållös, och det dröjde till den 73:e minuten innan Niklas Gunnarsson gav Södra Vi ledningen på straff.
Theo Kron kvitterade för Stjärnan i 79:e minuten.
I den 88:e minuten fick Södra Vi Abdelrahman Ammar utvisad, och laget fick spela de sista två minuterna med en spelare mindre.
Det matchavgörande målet kom i slutminuterna, med en minut kvar att spela, när Hugo Henriksson slog till och gjorde mål på straff för Stjärnan. Henriksson fullbordade därmed Stjärnans vändning.
Det här var Södra Vis tredje uddamålsförlust den här säsongen.
I tabellen innebär det här att Stjärnan nu ligger på åttonde plats. Södra Vi är på tolfte och sista plats.
Nästa motstånd för Södra Vi är Tjust. Lagen möts lördag 1 juni 16.00 på Tjustvallen.