Ersätter Nkunku gör 23-årige Randal Kolo Muani, Eintracht Frankfurt.
25-årige Nkunku, till vardags lagkamrat med Emil Forsberg i RB Leipzig, är ytterligare ett avbräck för fransmännen, då även mittfältarna Paul Pogba och N'Golo Kanté missar VM på grund av skador.
Utöver Australien ställs regerande världsmästaren Frankrike mot Danmark och Tunisien i gruppspelet.
Fotbolls-VM i Qatar börjar på söndag.