Ronaldo passerade den tjeckisk-österrikiske Josef Bican som gjorde 805 mål i tävlingsmatcher mellan 1931 och 1955 enligt Fifas statistik.
Brasilianske legendaren Pelé sägs ha gjort över 1 000 mål under sin karriär, men den statistiken anses vara för bristfällig.
Ronaldo slog till två gånger i första halvlek, men Tottenham kvitterade båda gångerna.
Första kvitteringen kom på straff från Harry Kane sedan Dejan Kulusevski fixat straffen när han slog ett inlägg som tog på armen Alex Telles.
Segermålet från Ronaldo kom på nick efter hörna i 81:a minuten och tog United upp på fjärde plats i Premier League, två poäng före Arsenal som dock har fyra matcher mindre spelade.
Unitedmittfältaren Paul Pogba hyllade Ronaldo i Viaplays sändning.
– Man behöver inte prata om honom, det är bara att kolla på honom. Han var inte med i förra matchen, han kommer tillbaka och gör tre mål. Alla är glada, säger Pogba vars lag fick hård kritik efter förra helgens derbyförlust, 1–4, mot Manchester City.
Ronaldo hade bara gjort ett mål på sina tio senaste matcher och har varit ifrågasatt, men 37-åringen visade återigen vad han kan när han är på humör.
Varken Victor Nilsson Lindelöf eller Joseph Elanga spelade från start i United. Elanga byttes in en bit in i andra halvlek och Nilsson Lindelöf ersatte Ronaldo i slutminuterna.