Det var i andra halvlek som en man med en regnbågsflagga stormade planen i mötet mellan Portugal och Uruguay i grupp H. Mannen hade på sig en t-shirt med texten "respekt för iranska kvinnor" på ryggen och "rädda Ukraina" på bröstet.
Säkerhetspersonal jagade i kapp mannen och brottade ned honom och flaggan släpptes ned på planen innan mannen fördes bort.
Domaren plockade upp flaggan och lade den vid sidlinjen där en funktionär sedan kom och tog bort den.
Planstormaren, som av den italienska nyhetsbyrån AGI identifierats som italienaren Mario Ferri som även genomförde en liknande protest men med annat budskap under VM i Brasilien 2014, fördes bort från arenan genom en tunnel.
Det är ännu inte känt om det kommer att riktas några brottsanklagelser mot honom och inte heller var han nu befinner sig.
Thierry De Backer som är Fifas presschef under VM säger till AP att han "inte har en aning" om vad som hänt planstormaren. Representanter för den lokala VM-organisationen i Qatar vill inte heller kommentera vad som hänt mannen.
Fotbollsmästerskapet i Qatar har kantats av bråk och konflikter gällande landets syn på hbtq-personer. Det internationella fotbollsförbundet, Fifa, förbjöd förra veckan "One Love"-bindeln som bland annat Danmark, England och Tyskland hade tänkt använda. Fifa hotade då med sportsliga sanktioner.
Homosexualitet är strikt förbjudet i Qatar. Bryter man mot lagen så riskerar man upp till sju års fängelse.