I en procession från Vila Belmiro-arenan, där likvakan hölls, fördes kistan till begravningsplatsen Necrópole Ecumênica.
När kistan anlände till begravningsplatsen spelades Santos FC:s officiella klubbhymn och en katolsk psalm. Innan den guldlindade kistan kom sjöng deltagarna sambasånger.
"Fotbollskungen" begravdes på den näst högsta våningen i ett tio våningar högt mausoleum – världens högsta kyrkogård enligt Guinness rekordbok.
Kistan var draperad i Brasiliens och Santos FC:s flaggor och placerad på en brandbil. Processionen följdes av tusentals människor.
Processionen passerade förbi Pelés 100-åriga mammas hem. Enligt medier i Brasilien är modern, Celeste, dement och har inte förstått att hennes berömda son har gått bort.
Före processionen hölls en katolsk mässa på Vila Belmiro-arenan innan den 24 timmar långa likvakan var över. Polisen uppskattar att 230 000 brasilianare valde att ta ett sista farväl av Pelé genom att defilera förbi Pelés öppna kista, som stod i mittcirkeln på planen där fotbollslegendaren firat många triumfer under sin karriär.
Under måndagen besökte Internationella fotbollsförbundets ordförande Gianni Infantino Vila Belmiro och Brasiliens nyvalde president Lula da Silva närvarade vid tisdagsmorgonens mässa.
Pelé, född Edson Arantes do Nascimento, som bland annat vann tre VM-guld ses som en av tiderna bäste fotbollsspelare. Han gjorde 1 283 mål under sin 21-åriga karriär, de flesta när han spelade med Santos.
Pelé avled den 29 december efter en lång tids cancersjukdom. Han blev 82 år.