Förbundet skriver i ett uttalande att Toffolo är under utredning för regelbrott som ska ha skett mellan 22 januari 2014 och 18 mars 2017. De skriver också att Toffolo har fram till 19 juli på sig att besvara anklagelserna.
Toffolo spelade för Norwich, Peterborough och Scunthorpe när brotten påstås ha inträffat. Förra året spelade han 19 Premier League-matcher för Nottingham Forest.
I maj stängdes Brentford-anfallaren Ivan Toney av i åtta månader för 232 spelförseelser. 27-åringen får inte spela fotboll förrän tidigast den 16 januari.