Hundratals PSG-supportrar samlades utanför klubbens högkvarter under onsdagen där de tände bengaler och sjöng fientliga ramsor om de underpresterande stjärnorna Messi, Neymar och Marco Verratti.
Ett par av supportrarna reste därefter till Neymars hem i en välbärgad förort väster om Paris där de skanderade: "Neymar, försvinn".
"Paris Saint-Germain fördömer de oacceptabla och förolämpande handlingar som utfördes av en liten grupp individer. Oavsett åsiktsskillnader: ingenting rättfärdigar sådana handlingar", skrev PSG i ett uttalande på sin hemsida natten till torsdag.
Med anledning av onsdagens protester bestämde sig PSG för att skärpa säkerheten kring klubbens träningsanläggning, men även utanför spelarnas (Messi, Neymar och Verratti) hem.
Messi, vars kontrakt med den franska klubben går ut efter säsongen, stängdes i tisdags av i två veckor efter att han rest till Saudiarabien utan PSG:s tillåtelse. Enligt flera källor, bland annat BBC, kommer argentinaren lämna Paris Saint-Germain när kontraktet går ut efter säsongen.