Med anledning av den ryska invasionen spelade Dynamo Kiev sin hemmamatch (0–0) i Polen, medan onsdagens retur avgjordes på Fenerbahces arena i Istanbul.
Det ukrainska laget vann returmötet med 2–1 efter förlängning och är därmed vidare till nästa runda.
Skandalscenerna utspelade sig en knapp timme in i matchen när Dynamo Kiev gjorde matchens första mål.
"Fotboll är ett rättvist spel, i går var Dynamo Kiev starkare", skriver Ukrainas ambassadör i Turkiet, Vasyl Bodnar, på Twitter och fortsätter:
"Det är väldigt sorgligt att höra orden från Fenerbahces fans, om en rysk mördare och angripare som bombat vårt land".
Bodnar tillägger även:
"Jag är tacksam gentemot det vänliga turkiska folket för deras stöd till Ukraina och för deras omtanke gällande de olämpliga handlingarna från fansen".
Mircea Lucescu, Dynamo Kievs tränare, kommenterade även han händelsen efter matchen.
– Jag förväntade mig inte sådana ramsor, det är sorgligt, sade han.
Senare på torsdagen meddelade Europeiska fotbollsförbundet, Uefa, i ett pressmeddelande att de kommer att starta en utredning med anledning av Fenerbahce-supportrarnas "påstådda dåliga uppförande".