Länderna har till vardags inga diplomatiska förbindelser och därför har man fått förhandla fram en överenskommelse om speciella, tillfälliga flyg under VM.
Direktflyg ska gå mellan Tel Aviv och Doha och kommer att skötas av ett bolag med redan existerande landningstillstånd i Qatar, med förbehållet att säkerheten godkänns av Israel, skriver Fifa på sin hemsida.
"Tack vare den här överenskommelsen kommer israeler och palestinier kunna flyga och njuta av fotboll tillsammans", säger Fifas ordförande Gianni Infantino.
Han säger att VM är den "ultimata symbolen för fotbollens enande kraft" och höjer tonläget ytterligare:
"Det här historiska beslutet är en språngbräda för att förbättra relationerna i hela Mellanöstern", säger Infantino.
Då den diplomatiska relationen mellan Israel och Qatar är icke-existerande kommer israelernas konsulära ärenden att skötas genom ett privatägt resebolag i Doha, under översikt av Israels utrikesdepartement. Palestinska resenärer hänvisas till den palestinska ambassaden i Qatar.
Varken det israeliska eller palestinska landslaget har kvalat in till mästerskapet, som börjar den 20 november.