Razzian kommer efter att Fransk-algeriske Tayeb Benabderrahmane hävdat att han fängslats och torterats i Qatar efter misstankar om att han skulle inneha dokument och information som kunde vara skadliga för al-Khelaifi.
Benabderrahmane, som jobbade som lobbyist i Qatar, ska ha fått lämna landet efter sex månader i fängelse, men bara efter att han skrivit på ett sekretessavtal.
Enligt dokument från den franska underrättelsetjänsten kan dokumenten innehålla intima videos på al-Khelaifi med en kvinna. Konversationer mellan den qatariske miljardären, som haft högt uppsatta positioner inom Fifa, och emiren i Qatar ska finnas sparade i en gammal mobil. Männen ska där ha diskuterat hur Qatar fick fotbolls-VM 2022.
Enligt al-Khelaifis talesperson har 49-åringen samarbetat med polisen.
Benabderrahmane, å sin sida, utreds för att ha utpressat al-Khelaifi.