Något skäl angavs inte.
Men enligt källor med insyn i landslagets göranden oroade sig ledningen för att spelare skulle hoppa av och söka asyl väl utanför hemlandet, rapporterar The Guardian.
Eritrea betecknas som en av världens hårdaste diktaturer och styrs sedan 1993 av president Isaias Afwerki.
Den afrikanska fotbollens samlande organ, Caf, och Fifa bekräftade den 10 november i ett gemensamt uttalande att matcherna som Eritrea skulle ha spelat ställs in men sade inget om varför.
Det eritreanska fotbollsförbundet har inte kommenterat saken än. Enligt The Guardian hade spelarna förberett sig i månader men fick i slutet av oktober besked om att det inte blir något kvalspel.
Kvar i gruppen blir fem lag. Förutom Marocko är det Zambia, Niger, Tanzania och demokratiska republiken Kongo.