Det meddelar förbundet enligt nyhetsbyrån Interfax.
Fifa och Uefa stoppar tills vidare alla ryska lands- och klubblag från Fifa- och Uefa-sanktionerade matcher och turneringar. Därmed kastades herrlandslaget ut från playoffspelet till VM i Qatar och de ryska klubblagen ur Europa League.
Beslutet var en helomvändning från Fifa, som tidigare meddelat att det ryska herrlandslaget skulle få spela på neutral plan utan åskådare.
Enligt nyhetsbyrån AFP menar RFU att beslutet är "diskriminerande".
"Det ryska fotbollsförbundet fick inte heller rätten att presentera sin ståndpunkt, vilket frångår den grundläggande rätten att försvara sig", skriver förbundet.
Innan Fifa och Uefa tog beslutet hade Sveriges, Tjeckiens och Polens förbund gemensamt meddelat att man vägrar möta Ryssland i playoffspelet till herrarnas fotbolls-VM. Sverige ställs mot Tjeckien och vinnaren i den matchen skulle ha mött vinnaren mellan Polen och Ryssland.
RFU ifrågasätter, enligt AFP, motiven bakom Sveriges, Tjeckiens och Polens bojkott.
"Beslutet att stryka landslaget från kvalet till VM 2022 togs under press från direkta rivaler i playoffspelet, vilket var en kränkning av idrottsliga principer och fairplayregler", anser man.
Fifas och Uefas besked kan också påverka sommarens fotbolls-EM för damer. Där är Sverige lottat i samma grupp som Ryssland, Nederländerna och Schweiz.