Egypten fick en tung inledning på matchen när domaren dömde straff till Marocko efter bara sju minuter.
Sofiane Boufal klev fram och smällde dit ledningsmålet. Det var också ställningen i halvtid – men sedan klev stjärnan Mohamed Salah fram.
Liverpoolspelaren kvitterade till 1–1 på egen hand när han höll sig framme på en målvaktsretur i inledningen av andra halvlek.
Inget av lagen lyckades skaka fram ett avgörande under ordinarie tid, och kvartsfinalen gick till förlängning.
Tio minuter in i den första förlängningskvarten fick Salah bollen i favoritläget längs högerkanten. Han avancerade framåt, lurade sin motståndare och nådde anfallskollegan Trezeguet med en perfekt avvägd passning. Den 27-årige Aston Villa-spelaren gjorde inga misstag och satte dit 2–1 från nära håll, vilket blev slutresultatet.
I semifinalen ställs Salah & Co mot hemmanationen Kamerun.
Egypten är den nation som vunnit Afrikanska mästerskapen flest gånger (7). Senaste titeln kom i Angola 2010.
Senegal blev som sista lag klart för semifinal efter att ha besegrat skrällaget Ekvatorialguinea med 3–1.
Crystal Palace-mittfältaren Cheikhou Kouyaté satte dit 2–1 med drygt 20 minuter kvar att spela och det blev dödsstöten för Ekvatorialguinea. Sedan fastställde Ismaïla Sarr slutresultatet till 3–1 i den 79:e minuten.
Senegal ställs mot Burkina Faso i semifinal på onsdag.