Manchester United har inte vunnit en titel sedan segern i just Europa League 2017. Nilsson Lindelöf kom till United månaderna senare och får fortsätta vänta på första titeln.
Den svenske landslagsbacken och hans försvarskompisar hann inte med i den 78:e minuten när Luuk de Jong smög sig fram på Jesus Navas perfekta inlägg och gjorde 2–1 från nära håll.
Tv-kamerorna zoomade in hur Bruno Fernandes och Nilsson Lindelöf skällde på varandra efter målet.
– Det här är svårt att ta. Killarna i omklädningsrummet är förkrossade. Vi skapade massor av chanser, men det bästa laget förlorade. Vi släppte in två mål på inlägg och det är inte bra nog, sade Unitedkaptenen Harry Maguire till BT Sport.
Manchester United tog ledningen på straff genom Bruno Fernandes redan i den nionde minuten sedan Marcus Rashford blivit nedriven. Fernandes var ju också den som avgjorde på straff i förlängningen i kvartsfinalen mot FC Köpenhamn. Suso kvitterade i 26:e minuten sedan Unitedförsvaret uppträtt tveksamt.
United tog greppet direkt i början av andra halvlek och skapade flera chanser, men Sevillamålvakten Yassine Bounou räddade sitt lag.
Sevilla har strålande form – spelade sin 20:e raka tävlingsmatch utan förlust – och är kungar av Europa League med fem titelsegrar sedan 2006. Senaste segern kom 2016.
I finalen på fredag väntar segraren i måndagens semifinal mellan Inter och Sjachtar Donetsk.