Den 36-årige argentinaren, som gjort 11 mål på 12 spelade matcher för sin nya klubb, har dragits med skadan sedan kort efter VM-titeln med Argentina i slutet på förra året. Under tisdagen tränade han på egen hand.
Frånvaron i Chicago innebär att Messi nu missat fem av Inter Miamis sex senaste matcher.
Hemmalaget hade inför matchen sålt 61 000 biljetter, ett rekord för Chicago Fire. Men när det stod klart att drabbningens stjärna och mittpunkt sannolikt inte skulle komma till spel erbjöds kompensation till de biljetthållare som inte längre önskade ta sig till arenan Soldier Field.