Isak fick behandling på vänster ben strax efter att han avslutat i ett fint läge men fick se sitt skott räddas av Sevillamålvakten Bono.
Ett gott tecken var dock att den 21-årige svenske anfallaren, som gjorde ett av målen i 2–1-segern över Spanien i VM-kvalet nyligen, kunde lämna planen för egen maskin i den 39:e minuten.
Spanska AS beskriver skadan som ett muskelproblem och Sociedads tränare Imanol Aguacil uttrycker, enligt SVT, sin oro:
– Självklart är jag orolig. Det var inte vad jag ville ha, jag vill ha alla spelare tillgängliga, säger han.
Sociedad brände en straff genom Mikel Oyarzabal i mitten av första halvlek och matchen slutade 0–0.
Isak är ännu så länge mållös den här säsongen i La Liga, men gjorde mål i Real Sociedads 2–2-match borta mot PSV Eindhoven i torsdags.
Fotbollslandslaget har sina två kommande VM-kvalmatcher den 9 oktober mot Kosovo och tre dagar senare mot Grekland. Båda matcherna spelas på Friends arena.