I november presenterades han som ny tränare i Premier League-klubben – på söndagen fick han sparken.
Tills en ny huvudtränare är på plats ersätts han av assisterande tränaren Ruben Sellés.
Jones tog över efter Ralph Hasenhüttl i höstas, med förhoppningen om att lyfta Southampton från nedflyttningsplats. I stället har det blivit förlust i sju av åtta ligamatcher under Jones ledning, och laget är nu tabelljumbo.
På lördagen förlorade Southampton med 1–2 hemma mot Wolverhampton trots att man hade ledningen och trots att gästerna fick en spelare utvisad redan i den 27:e minuten.