Ramos spelade sin 180:e landskamp i mars, men har haft en skadefylld säsong i Real Madrid med en mindre knäoperation, ett par andra skador och han har varit sjuk i covid-19.
– Det var inget lätt beslut, men han har knappt spelat, och inte kunnat träna från januari. Han har betytt mycket för landslaget och kan göra det även i framtiden. Men jag måste göra det bästa för laget, säger förbundskaptenen Luis Enrique enligt Marca.
– Jag sade till honom att nu enbart tänka på sig själv, rehabilitera bra så han kan spela för sitt lag och för landslaget.
I stället har Enrique kallat in Aymeric Laporte, Manchester City-backen som precis bytt fotbollsnationalitet från Frankrike till Spanien. 26-åringen växte upp i Frankrike men flyttade 2010 till Spanien. Han har spelat ungdomslandskamper för Frankrike.
Inte en enda Real Madrid-spelare får plats i truppen.
Sverige möter Spanien i EM-premiären den 14 juni i Sevilla.