Rubiales har varit i blåsväder sedan han kysst spanska landslagsstjärnan Jennifer Hermoso efter att Spaniens damer tagit VM-guld i Australien och Nya Zeeland.
Hermoso beskrev kyssen som ett övergrepp och sade att det var en "impulsiv och malplacerad machohandling".
Internationella fotbollsförbundet Fifa har stängt av Rubiales i 90 dagar medan han är under utredning för händelsen.
"Jag fördömer utan tvekan det felaktiga och olämpliga uppträdandet från det spanska förbundets ordförande", säger herrlandslagets förbundskapten Luis de la Fuente i ett uttalande till nyhetsbyrån EFE enligt AFP.
Hela den spanska VM-truppen har valt att bojkotta landslagsspel under den nuvarande ledningen sedan Rubiales under fredagen meddelade att han inte avser att avgå från sin post.
Luis Rubiales har samtidigt tagits i försvar av sitt eget förbund, som menar att Hermoso ljuger och att man kommer vidta rättsliga åtgärder.
Förbundsordföranden sitter även på en post som en av Europeiska fotbollsförbundet Uefas vice ordförande. Uefa har ännu inte uttalat sig kring incidenten.
Sverige möter Spanien i Nations League den 22 september. Om den matchen blir av nu, då det spanska landslaget står utan både spelare och tränare, är högst oklart.