Uttalandet från regeringen kommer bara ett par timmar efter att Luis Rubiales meddelat att han inte kommer att avgå efter skandalkyssen i samband med VM-guldfirandet.
Victor Francos, ordförande i Spaniens idrottsråd, säger att regeringen vill stänga av Rubiales, och att det i så fall är ett beslut för idrottsdomstolen att ta. Francos poängterade även att ärendet kan komma att hanteras som ett brottmål.
– Rubiales har inte levt upp till vad spelarna, regeringen eller samhället förväntat sig. Därför har vi lämnat in ett klagomål, säger Francos.
Det var efter att Spanien besegrat England i VM-finalen i söndags, och tagit landets första VM-guld på damsidan, som Rubiales omfamnade och kysste VM-hjälten Jenni Hermoso på munnen.