Utöver Kahn tvingas även sportchefen Hasan Salihamidzic lämna med omedelbar verkan, meddelar den tyska klubben på sin hemsida.
Kahn ersätts av Jan-Christian Dreesen medan det ännu inte är klart vem som efterträder Salihamidzic.
Oliver Kahn, som vaktade målet för Bayern München mellan 1994 och 2008, tog över som vd sommaren 2021.
"Beslutet att gå skilda vägar med Oliver Kahn har varit allt annat än enkelt för styrelsen. Vi vill tacka Oliver Kahn för hans engagemang, hans idéer och för allt vi har uppnått tillsammans. Han kommer alltid att vara en stor profil i Bayern. Vi önskar honom allt det bästa", säger styrelseordförande Herbert Hainer.
Bayern München vann på lördagen sin elfte raka ligatitel efter osannolikt drama.
Klubben var två poäng bakom Borussia Dortmund inför den avgörande omgången. Bayern besegrade Köln på bortaplan med 2–1, samtidigt som Dortmund bara fick 2–2 hemma mot Mainz. Bayern vann därför ligan tack vare bättre målskillnad än Dortmund, båda slutade på 71 poäng.