Enligt spanska Marca placerade Valverde en knytnäve i Baenas ansikte efter ett kort meningsutbyte.
Spanska medier rapporterar att bråket härrör från ett tidigare gruff mellan de två, som ska ha utspelat sig under den senaste matchen mellan Villarreal och Real Madrid i januari. Baena uppges då ha yttrat förolämpningar gentemot uruguayanens familj samt ofödda son.
Något som Baena själv nekar till:
"Jag är väldigt ledsen över attacken som jag utsattes för efter matchen och överraskad över vad de säger om mig, det är helt falskt att jag skulle ha sagt detta", skriver han på Twitter.
Villarreal bekräftar nu att händelsen kommer att polisanmälas.
"Alex Baena attackerades när han var på väg till lagbussen efter matchen mot Real Madrid på Santiago Bernabeu. Spelaren har därför bestämt sig för att göra en polisanmälan. Villarreal är emot all form av våld och ställer sig bakom spelarens version av händelserna och kommer stötta honom hela vägen".