Det efter påtryckningar från klubbens supportrar.
Fansen har upprepade gånger protesterat mot partnerskapet, främst på grund av bristen på mänskliga rättigheter i Qatar.
Nu får de sin vilja igenom när det fem år långa samarbetet sägs upp den 30 juni.
"Bayern München och Qatar Airways har samarbetat sedan 2018. Under denna period har FC Bayern vunnit Champions League och Qatar Airways tilldelats titeln 'världens bästa flygbolag'. Båda har haft en gemensam förståelse för kvalitet och har fört människor samman", skriver Bundesligalaget på sin webbplats.
Bayern München är likt andra tyska klubbar medlemsstyrt.