Detta efter att klubbens supportrar sjungit diskriminerande ramsor i ligamatchen mot Chelsea i april.
Wolves medgav att homofobiska ramsor hade hörts på hemmaarenan Molineux vid två tillfällen under matchen.
"De har misslyckats med att få sina supportrar – eller folk som utgav sig för att vara supportrar – att uppträda på ett korrekt sätt och att inte använda ord eller bete sig på ett olämpligt, diskriminerade, kränkande eller oanständigt sätt", skriver FA.
Utöver böterna ska klubben följa en handlingsplan för att undvika liknande händelser i framtiden.