De hundratals svenska supportrarna hölls kvar inne på arenan av belgisk polis med hänvisning till säkerhetsskäl.
"Vid 04.00 lämnade de sista svenska supportrarna, tillsammans med SvFF:s kvarvarande personal, arenan med polisbevakning", säger Svenska fotbollförbundet (SvFF) i ett uttalande.
"Säkrare på arenan"
Christer Wilén var i Bryssel för att hälsa på sin dotter. I 65-årspresent hade hon gett honom en biljett till kvalmatchen.
– I halvtid fick vi veta att matchen var avbruten och att tre personer var skjutna i Bryssel varav två svenskar. Vi fick också veta att det var säkrare inne på arenan än på stan, säger han till TT efter det att han landat på Arlanda.
Han säger sig inte ha varit orolig för sin egen säkerhet men däremot en oro över att fler saker skulle inträffa som i terrordåden i Paris 2015.
– Om det här bara var det första och det skulle finnas fler gärningsmän, det var en oro från myndigheterna som jag förstår det.
De svenska fansen uppmanades att inte bära blågula matchkläder och många drog en annan tröja över dem.
– Många tankar går till det som hände och det fullkomligt surrealistiska som inträffar att man skjuter ner fotbollssupportrar för att de har en svensk fotbollströja på sig inne i Bryssel. Det är mardrömslikt så klart.
Spelarna är hemma
SvFF tillägger att samtliga hotell där svenska supportrar bor är under polisbevakning.
"Samarbetet mellan supportrar, förbund och myndigheter har fungerat mycket väl i en extremt pressad situation. Totalt har cirka 400 svenskar fått hjälp under kvällen och natten", säger SvFF:s säkerhetschef Martin Fredman.
Landslaget har flugit hem till Sverige och spelare och ledare har återvänt till sina klubblag.
EM-kvalmatchen bröts i halvtid, vid ställningen 1–1.
Den misstänkte gärningsmannen har skjutits till döds, enligt belgiska åklagare.