Detta efter söndagens 2–3-förlust mot nästjumbon i den kroatiska ligan, Slaven Belupo. Dessförinnan hade laget ytterligare tre matcher utan seger.
"Jag är tacksam för all tid jag tillbringade i Hajduk och för allt jag har upplevt tidigare från människor i Split och Dalmatien. Ett särskilt tack går till våra fans som alltid har stöttat mig och hela laget. Jag önskar Hajduk all lycka i framtiden. Det här är en fantastisk klubb och jag är säker på att laget kommer att bli bättre och bättre senare den här säsongen", säger Gustafsson till klubbens hemsida, enligt Aftonbladet.
Gustafsson, som tidigare tränat Halmstad, AIK (assisterande) och IFK Norrköping, kom till Split för ett halvår sedan då han skrev på ett tvåårskontrakt.
Den assisterande tränaren Andreas Brännström och fystränaren Torbjörn Arvidsson får också lämna laget.