"Det är ingen idé att åka till inomhus-EM om jag inte kan prestera som jag vill", säger han i ett pressmeddelande.
Beslutet togs efter att han tävlade i Madrid tidigare denna vecka.
"Först fick jag en förkylning, sedan en liten känning som gjorde att jag fick ta det lugnt i två-tre dagar. Det innebar sammantaget att den minimala tävlingsförberedelse som vi hade planerat in blev ännu mindre. Jag testade i Madrid för att se om det skulle släppa, men kunde konstatera att jag inte är tillräckligt förberedd för tävling helt enkelt", säger Almgren.
Almgren är innehavare av det svenska rekordet på 3 000 meter både inom- och utomhus.