Den 27-årige anfallaren är under utredning av FA, det engelska fotbollsförbundet, och riskerar en lång avstängning om han fälls. Det är under FA:s regler inte tillåtet med vadslagning varken på sina egna eller andra matcher.
– Med det faktum att Ivan spelar för sin klubb och att det inte varit någon rättegång eller något domslut ännu, så vet jag inte av vilken anledning jag inte skulle ta ut honom, säger Englands förbundskapten Gareth Southgate.
Ivan Toney är i glödhet målform i Premier League och med 16 gjorda mål har bara Erling Braut Haaland, Manchester City, och Tottenhams Harry Kane gjort fler mål.
Toney har ännu inte debuterat i Englands landslag, men var uttagen utan att få spela under en samling i september.
England startar EM-kvalet med en svår bortamatch mot regerande EM-vinnaren Italien i Neapel den 23 mars och möter sedan Ukraina tre dagar senare på Wembley.