Duons nya avtal sträcker sig över säsongen 2026.
Vilahamn kom till Häcken inför förra årets säsongen och ledde då laget till en svenska cupen-final och andra plats i damallsvenskan.
"Jag har valt att förlänga med klubben eftersom jag anser att det inte finns en bättre arbetsplats att jobba med fotboll i Skandinavien. Det känns som att Häcken ligger i framkant med både herr- och damfotboll. Vi har en energi på arbetsplatsen som stimulerar mig väldigt mycket. Det är just den här dynamiken med herr, dam, kansli och marknadsavdelning, alla jobbar åt samma håll och alla har samma driv – det gör att man själv utvecklas", säger han i ett pressmeddelande.
Häcken leder årets damallsvenska.