Messi, som har ett år kvar på sitt kontrakt, har tidigare uttryckt missnöje över lagets prestation och den uteblivna ligatiteln.
– Vi ville inte avsluta säsongen så här, men det summerar nästan hela säsongen. Vi har varit ett väldigt ojämnt, väldigt svagt lag med låg intensitet, sade han enligt AFP.
Men enligt Bartomeu är det ingen risk att man bli av med den argentinske superstjärnan.
– Messi har sagt många gånger att han vill avsluta karriären här och jag tvivlar inte på att han kommer att skriva ett nytt kontrakt, säger ordföranden enligt Reuters.