Anfallaren Werner drog på sig en ligamentskada i foten då Leipzig under onsdagskvällen säkrade avancemang i Champions League tack vare 4–0 borta mot Sjachtar Donetsk och enligt den tyska storklubben kommer Werner inte vara tillbaka i spel förrän 2023.
26-årige Werner har gjort 24 mål på 55 A-landskamper för Tyskland.
VM i Qatar inleds den 20 november.