Ekdal kom till landslagssamlingen med skadekänningar i ena benet, men var ändå redo för en plats i startelvan i Wien.
Men det höll bara i en halvlek i det som var mittfältarens första landskamp på mer än ett år.
– Jag kände av min skada lite som inte var helt läkt, det var därför jag valde att inte spela vidare, säger han till den svenska pressen efter det tunga 0–2-nederlaget.
Ekdal var, precis som alla andra, kritisk till den svenska insatsen som gör utgångsläget svårt inför resten av EM-kvalet.
– Hoppet lever alltid men det är klart att det ser tufft ut, säger han.
– Jag tycker inte att vi gör någon bra match i dag. Österrike är mycket bättre och förtjänar vinsten, så det är klart att det finns kritik mot både ledning och spelare. Det är naturligt.
Sverige förlorade även EM-kvalpremiären hemma mot Belgien i våras (0–3) och har bara tre poäng efter tre spelade matcher.
– Vi kommer inte upp i den nivån vi har. Vi har många duktiga spelare som vi inte lyckas få ut kvalitén ifrån, säger landslagsveteranen.
I sommar fyller Albin Ekdal 34 år och i höst färdigspelas EM-kvalet, då det mycket väl kan krävas fem svenska segrar för att få spela mästerskapet i Tyskland nästa sommar.
– I den här matchen hade vi behövt få ett kryss med oss, säger han.
– Det är klart att vi hade velat ha ett bättre tabelläge, samtidigt kan vi inte lägga oss ned och dö utan får försöka avsluta det här kvalet med så många vinster som möjligt. Men det ser ju inte toppen ut, det måste jag erkänna.