Den 34-årige tysken, som är fullvaccinerad, saknades på bänken i onsdagens 4–0-kross borta mot Benfica på grund av sjukdom. Efter det positiva provsvaret får Nagelsmann, som har isolerats från laget, resa från Lissabon i ambulansflyg för att sätta sig i karantän på hemmaplan.
Under nuvarande regler i delstaten Bayern måste alla som testar positivt för covid-19 sitta i hemkarantän i 14 dagar. Bayern München ska under den kommande tvåveckorsperioden spela fem matcher innan ett nytt landslagsuppehåll väntar.
I segern mot Benfica leddes laget av assisterande tränarna Dino Toppmöller och Xaver Zembrod.