Delar av arenan stängs av i fem matcher och Valencia bötfälls med 45 000 euro.
Ett straff klubben tilldelas för fansens rasistiska attacker mot Real Madrids Vinícius Júnior.
Det är ett beslut av La Ligas tävlingskommitté som nu Valencia kritiserar, och meddelar att de kommer överklaga delen kring den partiella avstängningen av arenan.
"Valencia vill uttrycka sin fullständiga enighet och indignation över det orättvisa och oproportionerliga straff som utdömts av tävlingskommittén", skriver klubben i ett uttalande.
Valencia skriver också att de inte fick chansen att försvara sig innan domen fattades.
Klubben meddelar även att de har samarbetat med polisen och agerat starkt för att fördöma det som hände på stadion.