Hemmalaget tog ledningen i den 39:e minuten genom Marko Bulat. Men i den andra halvleken kom AEK tillbaka och vände på matchen. Stor hjälte blev Konstantinos Galanopoulos med segermålet som kom i den 90:e minuten.
Matchen kantades av en tragedi där en 29-årig grekisk supporter knivhöggs till döds och åtta andra personer skadades i förra veckan när supportrar drabbades samman utanför arenan i Aten.
Uefa sköt upp matchen och i stället spelades första mötet i Zagreb.
Returmatchen spelas lördag den 19 augusti i Aten.
Skrällgänget föll
Det spelades kvalmatcher på andra håll runtom i Europa. Succélaget Klaksvik från Färöarna, som slog svenska mästaren Häcken i förra omgången, var nära ännu en skräll. Men norska Molde drog det längsta strået och vann med 2–0 efter förlängning. Därmed gick Molde vidare med sammanlagt 3–2.
För Klaksvik väntar playoff till Europa League.
Talangen avgjorde
För FC Köpenhamn höll det på att gå åt skogen borta mot Sparta Prag. Men då klev svenske landslagsstjärnan Viktor Claesson fram och räddade laget. Först satte han kvitteringsmålet i den första förlängningskvarten. Sedan blev Claesson tvåmålsskytt när han ännu en gång kvitterade i den 112:e minuten och tog matchen till straffar efter sammanlagt 3–3.
Väl där klev den 17-årige svenske talangen Roony Bardghji fram och avgjorde med en iskall chipp – en så kallad Panenka-straff. Uppkallad efter Antonin Panenka som avgjorde EM-finalen 1976 för Tjeckoslovakien på ett liknande sätt.
Även Jordan Larsson skrev in sig i målprotokollet när han gav FC Köpenhamn ledningen efter två minuters spel.