Bundesligaklubben straffas då de anses brutit mot transferreglerna när de värvade den 17-årige slovenske anfallaren Jaka Cuber Potocnik från Olimpija Ljubljana.
I ett uttalande säger Köln att klubben anklagats för att ha pressat Jaka Cuber Potocnik att bryta sitt kontrakt med Olimpija Ljubljana.
Klubben bötfällt också med nära 600 000 kronor, dessutom stängs Potocnik av från fotbollen med omedelbar verkan i fyra månader.
Köln nekar till anklagelserna och ska överklaga domen.