Högerbacken landade våldsamt i marken efter att ha tappat balansen i en luftduell med Finlands Daniel O'Shaughnessy efter drygt 20 minuters spel i S:t Petersburg.
Brasilienfödde Fernandes, till vardags i CSKA Moskva, blev liggande, bars ut på bår och ersattes av Vjatjeslav Karavajev.