Vid 07-tiden på onsdagsmorgonen, lokal tid, lämnade en skåpbil under poliseskort Polens Tokyoambassad. Polisen bekräftar att Timanovskaja färdades i skåpbilen.
Ett par timmar senare anlände hon Narita-flygplatsen utanför Tokyo, men utan att svara på frågor från journalister på plats.
Hon uppges ha lämnat landet på ett flyg mot Wien i Österrike strax efter klockan 11 lokal tid. Planen att ta ett direktflyg till Warszawa i Polen ska ha ändrats i sista stund.
"Kidnappad"
Kristina Timanovskaja fördes i söndags till Haneda-flygplatsen i Tokyo mot sin vilja och vägrade kliva på planet hem. Hon skrev på sociala medier att hon hade "kidnappats" av sina egna ledare och sökte skydd hos japansk polis på flygplatsen. Hon togs sedan till den polska ambassaden för att under onsdagen flyga till Polen, där hon har fått humanitärt visum.
I Polen kommer hon mötas av maken, Arsenij Zdanevitj, som har lämnat Belarus och ska flyga till Polen från Ukraina.
Kritiserat ansvariga
Timanovskaja har sagt att hon fruktade för sitt liv om hon hade tvingats hem till Belarus. Hon är en av tvåtusen belarusiska idrottare som undertecknat ett öppet brev med krav på nyval och frisläppandet av politiska fångar.
Timanovskaja skulle ha sprungit 200 meter i måndags, men säger att Belarus huvudtränare kom till hennes rum i OS-byn i söndags och beordrade henna att packa för hemresa. Detta då hon hade kritiserat landets friidrottsorganisation.
Aktivist hittad död
Internationella olympiska kommittén säger att man utreder händelserna kring Timanovskaja och har bekräftat att FN:s flyktingorgan UNHCR involverats i fallet, samt att man redan gör mycket för att ta itu med den belarusiska olympiska kommitténs övertramp.
På tisdagen hittades den belarusiske aktivisten Vitalij Sjisjov död i Kiev i Ukraina, där han levde i exil. 26-årige Sjisjov ledde en Ukrainabaserad ideell organisation som hjälper belarusier att lämna hemlandet. Omständigheterna runt hans död är inte helt klarlagda än, men enligt Sjisjovs vänner hade han känt sig förföljd på sistone.
Många belarusier har flytt sitt hemland, ofta till grannländerna Ukraina, Polen och Litauen, sedan starten på de massprotester som utbröt efter förra årets omtvistade presidentval i Belarus. Sedan dess har landets auktoritäre ledare Aleksandr Lukasjenkos regering kraftigt tryckt ned alla former av opposition.