Den 27-åriga stavhopparen har störts av ryggproblem och bestämde sig till slut för att inte hoppa i Malmö på lördagen.
Utan Bengtsson i startfältet blev det ett enkelt SM-guld för Michaela Meijer, som började hoppa först när alla andra hade rivit ut sig. Örgrytehopparen vann på 4,47.
I damernas längdhopp vann en annan göteborgska, Khaddi Sagnia. Men hon nådde inget nytt resultat i världsklass utan stannade på 6,64.
På 800 meter var Lovisa Lindh, klubbkamrat med Sagnia i Ullevi FK, ytterligare en göteborgsfavorit som höll när hon sprang i mål på 2.03,77.
Till sist ett par vinnande stockholmare: Fabian Delryd, Täby IS, tog hem höjdhoppsguldet på 2,17 och Jesper Hellström, Hässelby SK, vann tresteget på 16,69.
Hellström är därmed femma genom tiderna i Sverige, enligt friidrott.se.
– Det här gör att jag har en chans på IEM, så det är jättekul, säger han.
Inomhus-EM i polska Torun avgörs om två veckor.