Kipchoge har vunnit alla maratonlopp som han ställt upp i sedan Berlin 2013, inklusive OS 2016. Men i London var han tvungen att släppa tätklungan fyra kilometer från mål.
Shura Kitata spurtslog kenyanen Vincent Kipcumba och vann på tiden 2.05.41. Etiopiern Sisay Lemma kom trea.
Maratonloppet skulle ha genomförts i april, men fick skjutas upp. Nu fick elitlöparna, de enda som fick delta, springa i oktoberkyla och regn. De sprang nästan 20 varv på en bana runt St James's Park med målgången traditionsenligt vid The Mall.
Världsrekordhållaren i maraton, kenyanskan Brigid Kosgei, vann damloppet, som genomfördes tidigare under söndagsmorgonen.
Kosgei sprang i mål på 2.18.58, drygt tre minuter före tvåan Sara Hall. Amerikanskan gjorde en stark avslutning och tog sig förbi kenyanskan Ruth Chepngetich som kom trea – fyra sekunder efter Hall.
– Vädret var inte så bra, så vi fick kämpa. Men det var underbart att få tävla, sade Kosgei till BBC.
Motionslöpare har möjlighet att springa ett virtuellt London Marathon, alltså springa den drygt 42 kilometer långa sträckan på hemmaplan.