Problem med en axel stoppar fortsatt tävlande för Nilsson, som hade spjut kvar på programmet inför det avslutande 1 500-metersloppet.
Marcus Nilsson låg på 18:e plats när han bröt, långt från tätstriden efter att blivit utan resultat och poänglös i stavhoppet tidigare på lördagen.
Beslutet fattade den blågule mångkamparen under uppvärmningen inför spjutkastningen.
"Det blir ju så när man nollar en gren, då känns det ändå inte riktigt som att man fullföljer en mångkamp. Men det var lite fram och tillbaka och jag tänkte att jag skulle testa att värma inför spjutet", säger han i ett uttalande till Svensk friidrott.
"Det är ju sista för säsongen, så det kändes inte direkt som att jag riskerade något, men skulle jag köra färdigt ville jag kunna köra fullt ut".