Pojkvännen misstänks ha satt eld på 33-åringen.
Polisen i kenyanska Trans Nozia, som ligger nära gränsen till Uganda, uppger att pojkvännen ska ha köpt bensin, hällt det över Cheptegei och tänt på efter ett bråk på söndagen.
Kenyanska medier har tidigare rapporterat att en av friidrottarens döttrar såg vad som hände.
– Han sparkade på mig när jag försökte hjälpa min mamma, säger hon.
– Jag ropade på hjälp, en granne kom och försökte släcka lågorna med vatten, men det gick inte.
Även pojkvännen vårdas på sjukhus för allvarliga brännskador.
Cheptegei slutade på 44:e plats i maratonloppet i Paris med tiden 2.32.14.