Polisen i kenyanska Trans Nozia, som ligger nära gränsen till Uganda, uppger att pojkvännen ska ha köpt bensin, hällt det över Cheptegei och tänt på efter ett bråk på söndagen.
Även pojkvännen vårdas på sjukhus för allvarliga brännskador.
Cheptegei slutade på 44:e plats i maratonloppet i Paris med tiden 2.32.14.