I Lausanne fick han släppa mot tätgruppen på sex löpare efter halva loppet, men tidsmässigt låg han under svensk rekordtid.
Då gick krafterna ur honom.
– Kroppen samarbetade inte. Svårt att säga varför. Sista två varven hade jag knappt styrfart, säger Almgren till SVT.
– Jag är besviken på mig själv. Inte vad jag hade hoppats på. Ibland fungerar kroppen inte som man vill. Det kändes tungt ganska tidigt.
Etiopiern Berihu Aregawi vann loppet på världsårsbästat 12.40,45.
Sett till varvtider gav Almgren sig möjligheten att spränga 13-minutersvallen redan i Florens för tre veckor sedan, men kanske gick det för fort. Almgren föll i näst sista kurvan och fick i stället göra ett nytt försök i Lausanne.
Almgren har som bäst sprungit distansen på 13.01,07.
Löparen satte svenskt rekord – 3.32,00 – på 1 500 meter på Bislett i Oslo. Det var en putsning av Kalle Berglunds notering med 1,7 sekunder.
Han har de svenska rekorden på 1 500, 3 000 och 5 000 meter.
På Stockholms stadion på söndag springer han 3 000 meter på Bauhausgalan.
– Jag ska försöka göra så gott jag kan, säger han till SVT.
Längdhopparen Thobias Montler noterade 7,75 meter i sitt första hopp. Längre nådde han inte. LaQuan Nairn, Bahrain, vann på 8,11.