Den svenska löparen stoppas av problem med luftvägarna.
Lahti sprang 10 000 meter under den inledande VM-dagen i lördags och slutade då på 18:e plats.
"Sarah har fått problem med luftvägarna efter 10 000 meter och känner att hon inte hunnit återhämta sig tillräckligt för att göra sig själv rättvisa på 5 000. Det är förstås jättetråkigt, men hälsan ska alltid sättas i första rummet", säger förbundskapten Kajsa Bergqvist.