Det meddelar flera medier, bland annat tidningen El Universo, enligt NRK.
Ordföranden i Guaya-regionens idrottsförbund, Roberto Ibáñez, skriver på Twitter:
"Mitt hjärta är krossat, jag kan inte hitta ord för att beskriva tomheten som jag känner."
Omständigheterna kring dödsfallet är oklara. Enligt uppgifter i ecuadorianska medier sköts även en vän till Quiñonez till döds. Skjutningen inträffade några dagar efter att landets president Guillermo Lasso infört nödläge för att stoppa den ökade kriminaliteten.
Just i Guyayaquil har det skett flera våldsamma dödsfall de senaste veckorna, enligt sajten La Pelotita.
Quiñonez, 32, missade OS i Tokyo i somras efter att ha stängts av ett år för en dopningsförseelse. Han hade uteblivit från tre dopningstester.
La Pelotita skriver att landets idrottsministerium reagerat på dödsfallet och beskriver Quiñonez som landets bäste sprinter genom tiderna. Löparen kom sjua på 200 meter i OS 2012 och tog sedan brons på VM i Doha för två år sedan.